近年来古DNA技术的发展弄清楚了很多以前不太可能弄清楚的事情，现代日本的种群遗传结构，大约由更新世的狩猎采集土著和此后的两波移民所塑造，

绳文时代（Jomon）只有土著，1000BC左右第一波移民，来自东北亚，开始了弥生时代（Yayoi），300AD左右第二波，来自中国，遗传成分大致和汉族相当，开始了古坟时代（Kofun），此后除了中原汉人成分比例有所上升之外，没有大变化，

参见：Ancient genomics reveals tripartite origins of Japanese populations

对这个话题有兴趣的朋友，我推荐一些更详细的材料：

斯宾塞·韦尔斯：《出非洲记：人类祖先的迁徙史诗》，网上有中文电子版。其中“迟到的亚当”一节我在两年前曾转贴过：“迟到的亚当”。

史蒂夫·奥尔森：《人类基因的历史地图》，有中文版。

关于东亚的情况，来自复旦的金力和李辉有许多专门的研究，我几年前就介绍过，下面几个帖子里汇集了其中一部分：李辉：《走向远东的两个现代人种》，李辉：《百越遗传结构的一元二分迹象》，《一些分子历史学研究结果》。